В последнем этапе Тридцатилетней войны весьма трудно разобраться. Он длился почти тринадцать лет, и на территории чешского королевства побывали почти все воюющие армии. Габсбурги побеждали, когда в октябре 1636 г. состоялась битва под Виттштоком, недалеко от Берлина, в результате которой шведы впервые прорвались на территорию Чехии. В начале 1637 г. скончался австрийский император Фердинанд II, и его наследником стал его 29-летний сын Фердинанд III. Молодой император был способнее своего отца, и его отношение к чешскому народу было гораздо лучше. Он хорошо знал чешский язык и в Чехии часто бывал, однако в военных условиях он никак не мог улучшить положение чешского народа. И Габсбурги, кроме того, начали в битвах проигрывать. Шведы двинулись в поход по Северной Чехии. Шведский генерал Иоганн Банер пытался представлять свои действия как освободительный поход, однако шведские солдаты, для того чтобы узнать от местных крестьян, где у них спрятаны припасы, вели себя особо жестоко. Несмотря на то что солдаты своего генерала почти не слушались, шведам удалось добраться до самой Праги. Хорошо укрепленный город им тогда взять не удалось, зато они разграбили большую часть деревень и городов почти на всей территории Чехии. Фердинанд III из-за постоянных военных неуспехов решил снять с должности главного императорского военачальника генерала Галласа и во главе войска поставил своего брата, эрцгерцога и священника Леопольда Вилема. Как ни странно, эрцгерцогу, который не был солдатом, удалось вытеснить шведов из Чехии. В 1641 г. также неожиданно скончался главный шведский военачальник генерал Банер, замененный жестоким генералом Леннартом Торстенсоном. Торстенсон в 1642 г. вторично атаковал Чехию. На этот раз ему удалось взять Моравию и полностью разбить австрийскую армию. Эрцгерцог Леопольд Вилем даже вернул свой пост главного военачальника генералу Галласу, однако тот остался таким же посредственным полководцем, каким и был раньше. Тем временем в войну включился венгерский князь Ракоцци, в 1644 г. объявивший войну австрийскому императору. Австрийская армия была ослаблена, главный командующий генерал Галлас во второй раз ушел в отставку, и военачальником стал генерал Гец. В марте 1645 г. недалеко от южночешской деревни Янков состоялась самая кровавая битва Тридцатилетней войны на территории Чехии. Войско Геца шведы разбили наголову, сам генерал сделал столько стратегических ошибок, что еще через двести лет после названного сражения в Чехии говорили: «Он пропал как Гец под Янковом». Австрийская монархия оказалась на грани катастрофы. Однако шведам не удалось вовремя соединиться с войсками князя Ракоцци, и габсбургскому послу в Царьграде удалось уговорить турок прийти на помощь императору. В июле 1648 г. отряды шведского генерала Конигсмарка двинулись на Прагу. Шведам удалось молниеносно взять Малу Страну и Градчаны, причем были ранены лишь три шведских солдата. Однако пройти через Карлов мост в Старый и Новый город врагам не удалось. На оборону родного города поднялось гражданское население — студенты, пивовары, мясники, даже монахи и евреи. Решетка староместской мостовой башни преградила шведам путь. В результате ожесточенного сражения враг вынужден был отступить. Шведы осаждали Прагу до 25 октября, когда пришла весть, что война закончилась. 24 октября 1648 г. был заключен Вестфальский мир, положивший конец Тридцатилетней войне.